包头医学院成立于1958年。作为新中国在边疆民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，包头医学院在建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2005年2月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，学校冠名为内蒙古科技大学包头医学院。
学校现有东河、青山两个校区，学校占地面积70万平方米，建筑面积30.19万平方米。经过60多年的建设和发展，学校现已形成全日制本科教育、研究生教育、继续教育和职业教育多层次办学格局和以医学为主，法学、教育学、文学、理学、管理学和工学协调发展的学科体系。1997年通过原国家教委本科教学工作合格评估，2008年在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”，2017年接受教育部本科教学工作审核评估，2020年通过教育部临床医学专业认证。
学校设有研究生院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术与麻醉学院、口腔医学院、药学院、中医学院、临床医学部、全科医学院、人文与国际教育学院、马克思主义学院、体育部、计算机科学与技术学院、卫生健康学院和继续教育学院等16个教学单位。有附属医院15所，其中2所为直属附属医院，教学医院和实习医院24所，社区卫生实践基地11个。有预防医学专业实践教学基地38个、药学专业实践教学基地3个、法医学专业实践教学基地12个，还有其他专业实践教学基地44个。
学校面向19个省（自治区）招生，现有全日制在校生12069人，其中，硕士研究生1481人、本专科生9354人，其他各类学生1234人。开设28个本科专业，有国家级一流专业建设点1个，自治区一流本科专业建设点10个。自治区级品牌专业5个，自治区级重点建设专业2个。预防医学专业为国家级特色专业建设点、教育部首批地方高等学校专业综合改革试点。拥有国家级一流本科课程3门、自治区级一流本科课程18门。
学校以学科建设为龙头，教学科研并重，突出内涵式发展。自1980年开始招收硕士研究生，1986年获批硕士学位授权单位。现有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、生物学、马克思主义理论等5个一级学科硕士学位授权点，临床医学、公共卫生、药学等3个硕士专业学位授权点。现有国家临床重点专科1个，国家临床重点专科建设项目2个；内蒙古自治区临床重点建设专科1个，内蒙古自治区医疗卫生领先、重点学科9个，内蒙古自治区高等学校重点（培育）学科6个；包头市医疗卫生领先、重点学科38个，包头市医疗卫生重点培育学科9个。建有自治区人畜共患病与转化医学协同创新中心1个，自治区级重点（培育）实验室9个。自治区级实验教学示范中心5个，自治区工程（技术）研究中心8个，校级研究所（室）35个；自治区级创新团队2个、校级创新团队34个。
学校师资力量雄厚，人才队伍不断壮大。现有教职工922人，专任教师548人，其中教授64人，副教授181人，博士研究生83名，专任教师中博士、硕士占比达85.77%。柔性引进5名学者作为特聘专家。教师队伍中，享受国务院特殊津贴专家18人，国家百千万人才工程1人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家级非物质文化遗产代表性传承人1人，国家青年岐黄学者1人。内蒙古自治区突出贡献专家16人，内蒙古自治区杰出人才奖3人，内蒙古自治区“新世纪321人才工程”人选31人，内蒙古自治区“草原英才”个人25人、团队8个、工程青年创新创业人才7人，内蒙古自治区青年创新人才2人，内蒙古自治区“111”人才工程1人。内蒙古自治区高等学校教学名师奖获得者12人、教坛新秀奖获得者10人，内蒙古自治区级教学团队12个。
学校积极开展科学研究，先后获得国家科技进步二等奖1项，华夏医学科技二等奖1项，自治区级自然科学和科技进步奖22项（其中，自治区中青年科学技术创新奖1项、青年科学技术创新奖1项），自治区级、市级哲学社会科学优秀成果政府奖6项，中华护理学会科技奖1项，中国民族医药科技进步一等奖2项。近五年，学校承担国家自然科学基金项目50项，其中，面上项目6项、青年项目2项、地区项目42项，自治区级科研项目666项；发表学术论文2679篇，出版学术著作164部；获授权专利268项，其中发明专利22项。获自治区高等教育教学成果奖8项。
学校借助区位优势，积极开展对外交流与合作。近年来先后与蒙古国国立医科大学、泰国格乐大学等开展高层次人才培养和高水平科学研究；与北京大学牵手共建高水平公共卫生学院；与南京医科大学、自治区综合疾病预防控制中心、地方政府及中软国际有限公司、朝聚眼科集团、内蒙古天奇中蒙制药股份有限公司等开展战略合作。
学校积极履行社会责任，担负卫生健康使命。深入推进产学研深度融合，为包头市医疗和公共卫生事业发展、公共卫生应急体系建设提供重要支撑。依托专业特色和人才优势，实施精准帮扶和乡村振兴。开展协同创新研究，提升科研资源开放共享广度和深度。推动医教研协同发展，全力打造区域医疗中心，努力构建一流的医防服务体系。
学校文化底蕴深厚，杰出校友人才辈出。建校以来，广大教师和校友为国家经济社会发展和进步作出重要贡献。秦文斌教授在国内首次发现血红蛋白A2现象，在国际上被称为“秦氏现象”，于1978年出席全国科学大会荣获先进科技工作者奖。以中国工程院院士董尔丹、高长青为代表的优秀校友，赢得社会各界和人民群众的赞誉。7万余名毕业生扎根祖国大地，为医疗卫生事业发展、守护人民生命健康默默奉献，为当地经济社会发展和进步做出了应有的贡献。
